Oamenii de știință ai Facultății de Medicină de la Universitatea din Virginia au dezvoltat noi resurse importante care vor ajuta lupta împotriva cancerului și vor avansa cercetarea genomică de ultimă generație.

Dr. Chongzhi Zang, impreună cu studenții și colegii săi au dezvoltat o nouă metodă de calcul pentru a mapa modelele de pliere ale cromozomilor noștri în trei dimensiuni din datele experimentale. Acest lucru este important deoarece configurația materialului genetic din interiorul cromozomilor afectează modul în care funcționează genele noastre.

În cancer, această configurație poate merge prost, așa că oamenii de știință vor să înțeleagă arhitectura genomului atât a celulelor sănătoase, cât și a celor canceroase. Acest lucru îi va ajuta să dezvolte modalități mai bune de a trata și preveni cancerul, pe lângă avansarea multor alte domenii ale cercetării medicale.

Folosind noile lor abordări, oamenii de știință au descoperit deja o comoară de date utile și își pun tehnicile și descoperirile la dispoziția colegilor lor. Pentru a avansa cercetarea cancerului, au construit chiar și un site web interactiv care reunește descoperirile lor cu cantități mari de date din alte resurse.

“Modelul de pliere al genomului este extrem de dinamic, se schimbă frecvent și diferă de la celulă la celulă. Noua noastră metodă își propune să lege acest tipar dinamic de controlul activităților genetice. O mai bună înțelegere a acestei legături poate ajuta la dezlegarea cauzei genetice a cancerului și a altor boli și poate ghida dezvoltarea viitoare a medicamentelor pentru medicina de precizie.”

Chongzhi Zang, biolog computațional la Centrul pentru Centrul de Genomică și Cancer al Sănătății Publice, Sistemul de Sănătate al Universității din Virginia

Noua abordare a lui Zang pentru cartografierea plierii genomului nostru se numește BART3D. În esență, compară datele de configurare tridimensionale disponibile despre o regiune a unui cromozom cu mulți dintre vecinii săi. Apoi se poate extrapola această comparație pentru a completa spații libere în planurile materialului genetic folosind „Analiza de legare pentru reglementarea transcripției” sau BART, un algoritm nou pe care l-au dezvoltat recent.

Rezultatul este o hartă care oferă informații fără precedent despre modul în care genele noastre interacționează cu „regulatorii transcripționali” care le controlează activitatea. Identificarea acestor regulatori îi ajută pe oamenii de știință să înțeleagă ce activează și dezactivează anumite gene – informații pe care le pot folosi în lupta împotriva cancerului și a altor boli.

Cercetătorii au construit un server web, BARTweb, pentru a oferi instrumentul BART colegilor lor de știință. Testele au demonstrat că serverul a depășit mai multe instrumente existente pentru identificarea regulatorilor de transcripție care controlează anumite seturi de gene, raportează cercetătorii.

Echipa UVA a construit, de asemenea, baza de date BART Cancer pentru a avansa cercetarea în 15 tipuri diferite de cancer, inclusiv cancerul de sân, plămân, colorectal și prostată. Oamenii de știință pot căuta în baza de date interactivă pentru a vedea care sunt regulatorii mai activi și care sunt mai puțin activi în fiecare cancer.

„În timp ce un cercetător din domeniul cancerului poate naviga în baza noastră de date pentru a examina potențialele ținte de tratamente, orice om de știință biomedical poate folosi serverul nostru web pentru a-și analiza propriile date genetice.” a spus Zang.

 

Sursă material www.news-medical.net